Seiring dengan kecepatan pembangunan di wilayah DKI Jakarta, pemanfaatan air bawah tanah menunjukkan kecenderungan peningkatan dari tahun ke tahun. Pengambilan air tanah dilakukan untuk memenuhi kebutuhan air minum dan kegiatan yang memerlukan air lainnya. Pengambilan air tanah yang setiap tahun meningkat telah mengganggu sistem akifer yang ada. Terjadinya kerucut penurunan muka air tanah yang semakin luas dapat menimbulkan dampak penurunan muka tanah. Penurunan kuantitas ini diikuti pula dengan penurunan kualitas yang sangat dipengaruhi oleh kegiatan domestik penduduk. Hal tersebut terlihat dengan kehadiran polutan (nitrat dan fosfat), biota akuatik, dan bakteri koli. Kenyataan tersebut diperburuk dengan semakin menyusutnya lahan terbuka yang berfungsi sebagai daerah resapan.
Masalahnya, seberapa besar sebenarnya pengaruh manusia terhadap kondisi lingkungan tersebut. Tujuan penelitian untuk 1) Mengevaluasi hubungan antara perkembangan Kota Jakarta dengan beberapa masalah lingkungan yang terjadi di bawah permukaan, di antaranya anomali suhu bawah permukaan, perubahan pola aliran air tanah, kontaminasi yang terjadi terhadap air tanah, dan amblesan; 2) Mengidentifikasi degradasi lingkungan bawah permukaan di Cekungan Jakarta karena kegiatan manusia sehari-hari; 3) Penentuan konsep pengelolaan air tanah yang berkesinambungan untuk menunjang pengambilan keputusan dalam menentukan RUTR dan konservasi lingkungan bawah permukaan. Prosedur penelitian meliputi pengukuran suhu bawah permukaan, analisis nitrat, penentuan umur air tanah dengan CFC, perubahan iklim lokal, luahan lepas pantai, biota perairan, dan kajian perilaku masyarakat (sosial ekonomi). Berdasarkan hasil penelitian disimpulkan bahwa penyebab banjir di Jakarta disebabkan faktor geologi. Selain itu, daerah resapan Cekungan Jakarta jauh lebih kecil dari yang diperkirakan semula sehingga penurunan muka air tanah sangat signifikan.
Tidak semua amblesan tanah disebabkan oleh pengambilan air tanah yang berlebihan karena di beberapa tempat amblesan terjadi karena adanya pemampatan tanah. Dengan melakukan pengukuran unsur kimia terhadap air tanah dalam akifer, memperlihatkan bahwa fenomena intrusi air laut tidak berlaku untuk air tanah Jakarta. Pengaruh faktor manusia memperlihatkan hubungan yang erat dengan kondisi lingkungan bawah permukaan. Penduduk Jakarta yang semakin bertambah mengakibatkan tekanan terhadap lingkungan menjadi semakin berat dan kebutuhan air juga semakin besar. Pemakaian air tanah yang semakin banyak menyebabkan air tanah sulit didapat, walaupun pemerintah menyediakan air dari Perusahaan Air Minum (PAM). Di sisi lain, warga Jakarta masih belum memiliki kebiasaan untuk menampung air bekas di sumur resapan.
Air buangan di sumur resapan dapat menjadi cadangan air tanah yang bisa diurai untuk dimanfaatkan kembali sebagai sumber air bersih pada saat kemarau. Masalah sanitasi lingkungan (membuang hajat di jamban), masyarakat sudah melakukannya, walaupun masih ada yang membuangnya di tempat umum (sungai, parit, kebun). Begitu juga dengan masalah pembuangan sampah, selain dibuang di bak sampah, ada juga yang membuangnya sembarangan ke parit, kebun, dan sungai. Hal tersebut akan berdampak pada kualitas air tanah di sekitarnya, juga pada kesehatan manusia dan pencemaran lingkungan. Penelitian di sepanjang Sungai Ciliwung dan Teluk Jakarta memperlihatkan adanya perubahan dari jenis plankton dan benthos karena pengaruh dari pengkayaan nutrien dalam perairan. Suhu bawah permukaan tidak hanya mengindikasikan perubahan suhu akibat perubahan iklim, tetapi juga disebabkan faktor lain sebagai akibat pemanasan kota. Berdasarkan hasil penelitian, disarankan agar memperbaiki pengelolaan air tanah, mengurangi atau menghentikan pengambilan air tanah, membuat sumur-sumur resapan, dan menetralisir pencemaran air tanah.