Program sanitasi pada industri pangan adalah program untuk menghilangkan kontaminan pada makanan dan mesin pengolahan makanan serta mencegah kontaminasi silang terutama kontaminasi mikroba. Keberhasilan sanitasi dan sterilisasi adalah minimalnya jumlah mikroba awal. Prinsip dasar sanitasi adalah membersihkan yakni menghilangkan mikroba dari sisa makanan dan tanah yang dapat menjadi media tumbuhnya mikroba, baru kemudian sanitasi berupa zat kimia (desinfeksi) atau metode fisika untuk menghilangkan mikroba yang tertinggal pada permukaan alat dan mesin.
Tahap-tahap higiene dan sanitasi adalah:
1. Prerinse yakni langkah awal berupa penghilangan tanah dan sisa makanan, mengerok, membilasnya dengan air, atau penyedotan kotoran
2. Pembersihan yakni menghilangkan tanah secara mekanis
3. Pembilasan yakni membilas tanah dengan pembersih sabun/detergen dari permukaan
4. Pengecekan visual
5. Penggunaan desinfektan untuk membunuh mikroba
6. Pembersihan akhir yakni membilas cairan disinfektan
7. Drain dry atau final rinsing yakni membersihkan desinfektan hingga tidak ada genangan air
Kotoran yang menempel pada permukaan dapat memiliki komponen dominan yang berbeda sehingga bila diinginkan sanitasi yang efektif maka penggunaan desinfektan disarankan disesuaikan dengan kotorannya apakah banyak mengandung karbohidrat, protein, atau mineral.
Untuk jenis sanitisernya sendiri tidak hanya menggunakan bahan kimia saja namun juga dapat menggunakan panas dengan uap air panas (steam) pada suhu 77OC selama 15 menit atau 93 OC selama 5 menit, radiasi ultraviolet dengan waktu paparan lebih dari 2 menit. Untuk radiasi biasanya digunakan untuk sanitasi wadah pengemas dan ruangan. Bahan paling umum digunakan sebagai sanitiser tentu saja bahan kimia. Bahan kimia yang umum digunakan adalah senyawa klorin, komplek iodium, amonium kuartener, dan kombinasi asam-anion dimana kesemua jenis harus digunakan dalam dosis aman.
Desinfektan kimia dapat digunakan secara lebih efektif jika memperhatikan beberapa faktor seperti konsentrasi, pH larutan (misal: efektivitas klorin hilang pada pH di atas 10). Faktor lainnya yakni suhu sanitasi optimum yakni secara umum berkisar antara 21 OC hingga 38 OC. Pada suhu di atas 49 OC iodin akan menguap sedangkan klorin akan bersifat korosif. Waktu kontak minimum desinfektan dengan peralatan yang dibersihkan, kesadahan, dan adanya senyawa lain juga berpengaruh.
Di industri pangan sanitiser jenis iodofor (iodium tincture 7 % selama 15 detik) digunakan untuk cuci tangan karena tidak menyebabkan iritasi dimana larutannya terdiri atas campuran iodin dan surfaktan nonionik. Surfaktan ini berperan sebagai peningkat kelarutan. Untuk fenol jarang digunakan karena dapat mencemari makanan. Klorin mungkin merupakan sanitiser yang paling banyak diaplikasikan karena cocok diaplikasikan pada unit pengolahan makanan sebanyak 10-25 ppm untuk operasi pembersihan sedangkan penggunaannya untuk sumber air digunakan konsentrasi 4-5 ppm klorin bebas. Jika digunakan dalam bentiuk gas klorin maka konsentrasinya dibuat 2 kali lipat. Untuk proses pembilasan dapat digunakan laritan hipoklorit dengan konsentrasi 200 ppm dengan waktu kotak minimal 2 menit.
Detergent-Desinfektan
Detergen desinfektan merupan campuran dimana bahan kimia ini dapat melakukan pencucian dan desinfeksi sekaligus. Keuntungannya yakni bakteri berbahaya dapat langsung terbunuh dan pencucian dapat dilakukan pada suhu relatif rendah sedangkan kelemahannya yakni kurang efektif dan harganya relatif mahal. Contoh detergent-desinfektan yang umum digunakan misalnya alkali anorganik (detergent) dengan hipoklorit, senyawa amonium kuartener (desinfektan) atau surfaktan anionik (detergent) dan senyawa pembebas klorin (desinfektan) dan lainnya.